根據政府架構，環境運輸及工務局負責制訂總體的環保政策，環境保護署(環保署)則專責執行環保計劃及法例，以及推行新的政策及行動計劃。環保署於1986年4月1日成立，匯聚6個政府部門的人員和資源，目的是廣泛統籌本港大部份預防環境污染和污染管制的活動。

環保署的職責相當廣泛，包括實施環保政策及計劃、致力提高公眾的環保意識、執行環保法例及監控環境質素，並為多類廢物提供收集、轉運、處理和處置設施，就城市規劃及新政策的環境影響提供專業意見，以及負責處理關於環境污染的查詢和投訴。有關職責主要根據7個計劃綱領執行(詳見下文)。

於2001年，環保署各項活動的總開支為24.96億元，其中47.5%用於支付處理及棄置都市和化學廢物的承辦費用，30.1%為員工薪津開支，另有17.9%是基本開支，4.5%是日常運作的費用。

本署於2001年約有1,600名職員，其中26%屬專業職系，45%屬技術職系，其餘29%為行政及其他輔助職系。