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環境保護署(環保署)於1986年成立，匯聚6個政府部門的人員和資源，負責統籌及推行預防和管制污染的工作。環保署取代了環境保護處(於1981年成立以取代1977年所設的環境保護組)，成為專責處理污染問題的政府部門。1986年至2005年3月31日期間，本署主要負責執行環保法例和推行環保政策，而環保決策主要由相關的政策局制訂，而近年掌管這方面事務的是前環境運輸及工務局。然而，由2005年4月1日起，前環境運輸及工務局負責的環保決策工作已劃入環保署的權責範疇，而主管該局環境科的常任秘書長則兼任環保署署長。在這項安排下，環保署可同時擬訂和推行環保政策。 政府總部決策局於2007年7月1日重組後，新設的環境局負責監督環保政策的擬訂和推行。
2007年7月1日完成重組架構後，環保署已採納新組織架構，轄下主要分為3個營運科、4個政策科、1個跨境科及1個部門事務科。各科的職責如下：
- 環境基建科：負責規劃、發展和管理廢物處理設施，如策略性堆填區、廢物轉運站及化學廢物處理中心，並負責推行減廢和有關污水的區域及地區性規劃的計劃。而渠務署則負責執行環境基建科規劃的區域及地區性的污水處理計劃。
- 環境評估科：負責評估各項政策與策略性及本地計劃的環境影響，並處理根據《環境影響評估條例》提交的環評程序申請事宜。環境評估科亦負責制訂環境影響評估與環境噪音管理的政策、策略性規劃及工作綱領。
- 環保法規管理科：負責執行污染法例，鼓勵和協助環保營商，做到遵守或甚至超越環保條例的要求。
- 空氣質素政策科：負責制訂空氣質素管理的政策、策略和工作綱領範疇。
- 水質政策科：負責為水質管理方面制訂政策、策略性規劃和發展項目，其中包括污水處理政策及由渠務署履行的策略性污水規劃和污水處理設施。
- 廢物管理政策科：負責制訂廢物管理的政策、策略和工作綱領範疇，當中涵蓋減少及回收廢物的政策。
- 自然保育及基建規劃科：負責制訂自然保育政策和發展綜合廢物管理設施，並且發展試驗性的可生物降解廢物處理廠及有機廢物處理設施。至於推行自然保育政策的工作則由漁農自然護理署負責。
- 跨境及國際事務科：負責與內地機關就共同關注的環保事務保持聯絡；並且制訂計劃，落實執行《斯德哥爾摩公約》有關持久性有機污染物的規定。
- 部門事務科：負責部門行政支援、會計、資源管理、人力資源管理、資訊技術及知識管理，並且就人力資源管理的改革及部門發展提供支援。
目前，環保署共有1 600名職員，其中四分之一屬專業職系，一半屬技術職系，其餘則為行政及其他輔助職系。
有關文件:
環境運輸及工務局環境科與環保署合併 (23.9.2004)
政府總部：環境運輸及工務局(環境科)及環境保護署 [EC(2004-05)10] (17.11.2004)[PDF]
政府總部決策局的重組安排：公務員組織架構的改動 (11.5.2007)[PDF]
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